Toda a região do noroeste do estado brasileiro do Paraná era ocupada, até meados do século XX, pela etnia indígena dos xetás. Com os projetos de colonização da região levados a cabo a partir dessa época, os xetás foram praticamente exterminados, seja através da perda de suas terras, através de doenças trazidas pelos não índios ou através do assassínio puro e simples.
A origem da ocupação do território do município de Vila Alta se deve à expansão cafeeira do Norte Paranaense. Foi por volta de 1960 que a Companhia Brasileira de Imigração e Colonização promoveu a colonização da Gleba Vila Alta. A base econômica inicial dividia-se entre o extrativismo madeireiro e a cultura do café, que caracterizaram um período de abundância e riqueza. Paulatinamente, com o declínio destas atividades, surgiu e desenvolveu-se a pecuária bovina.
O atual município foi criado através da Lei Estadual 9 242, de 9 de maio de 1990, que o desmembrou do município de Umuarama, com o nome de Vila Alta, alterado posteriormente para o topônimo atual através da Lei Estadual 14 349, de 2004.